Implantée rue Saint-Marc, la première église aurait été bâtie au IVème siècle. Les Templiers en prennent possession au XIIème siècle et à la disparition de l’ordre du Temple elle dépend de l’ordre de Saint-Marc jusqu’en 1791. Devenue simple chapelle à cette date, puis désaffectée en 1793, elle est rendu au culte en 1799.
En partie détruite au cours de la guerre de Cent Ans et des guerres de religion, l’église a été reconstruite en 1859 à l’initiative de Mgr Dupanloup, alors évêque d’Orléans. L’édifice a été agrandi de 1884 à 1886 par l’Abbé Bozon, pour aboutir à son aspect actuel.