A l’origine une chapelle, elle sera plusieurs fois détruite et reconstruite. Désaffectée au moment de la Révolution, l’église a servi de magasin et de nitrière artificielle. Acquise en 1851 par les Pères de la Miséricorde, elle est restaurée par l’architecte Clouët et Mr Dupanloup l’a bénite en 1857.
Abbaye des frères de la Miséricorde, les bâtiments de la rue de l’Etelon sont achetés en 1880 par les Frères des Ecoles Chrétiennes (Lassaliens), sans l’église. Deux ans plus tard l’église est récupérée par les Lassaliens comme église de leur école.
Le porche a été restauré en 1896 et l’église classée Monument Historique en 1933.
L’église, ainsi que le pensionnat, sont achetés en 1938 par l’évêché d’Orléans qui en confie la direction au Révérend Père Thomas BOULEY. L’église devient alors diocésaine. L’ensemble abrite alors le lycée d’enseignement général et technique Sainte-Croix-Saint-Euverte.
L’église, qui a été cédée à la municipalité pour un franc symbolique en 1975, est aujourd’hui désaffectée et laissée à l’abandon. Elle a été utilisée pendant une courte période pour les messes célébrées par les disciples de Monseigneur Lefebvre. Le dôme de pierre qui menaçait de s’écrouler, a été démonté en 1986 et remplacé par un toit conique recouvert d’ardoise. Les pierres du dôme sont stockées dans l’église.
Petite anecdote: En octobre 1996 les obsèques de Paul Malaguti, ancien milicien et tête de liste FN au municipales d’Orléans de 1989, doivent se dérouler en l’église Saint-Euverte en présence de Jean Marie Le Pen. L’entrée de l’église étant également celle du lycée, le directeur a, pour l’occasion, fait dévisser les plaques de ce dernier afin que le nom de l’école n’apparaisse pas dans les médias. A la sortie de l’office Jean Marie Le Pen a fait une courte allocution entouré de gardes du corps armés.